水的長規滅菌處理為投藥與紫外線滅活。例如目前廣泛作為飲料水的純凈水設備就是經反滲透脫鹽后，再經紫外線殺菌處理的。用水(≤10T/h)可以使用二氧化氯或臭氧殺菌。工業生產中則 以氯氣或次氯酸鈉為多件也可使用二氧化氯或臭氧。外購的氯氣 用鋼瓶貯存，用加氯機投加，電解食鹽(或海水)得到的是次氯酸 鈉.無需專用投加設備，即可送人被處理水中。

臭氧用凈化過的空氣經高壓放電裝置制取，目前有中小型臭氧 發生器用于小區供水或中央空調冷卻水系統的滅菌，同樣適用于反滲透裝置的滅活處理，多余的臭氧同樣可以用活性炭吸收處理。 二氧化氯可由氯酸鈉制取，在飲用水處理和工業冷卻水處理中 使用的也很多。氯酸鈉有爆炸危險，應慎重使用。

在反滲透水處理設備工藝中，除了運轉中的殺菌之外，還有水處理設備停用中的殺菌問題。通常在停機48h以內可用原水沖洗，超過48h可 用1.5%亞硫酸氫鈉液保存，達到2周應使用甲醛消毒液殺菌或者廠 家提供的消毒液滅菌。萬萬不可用市售的84消毒液對膜元件殺菌！