由于作為進水的純水系統的制水速度較慢，因此在純水系統與超純水系統之間必須有水箱作為過渡。然而在水箱中貯放純水會因為材質的溶出、空氣中無機物質與有機物質的污染，以及微生物的繁殖等因素造成純水水質的劣化，進而增加超純水系統的純化負荷。為了讓超純水裝置有穩定的進水水質，如何使水箱的水質劣化程度控制在最小范圍內非常重要。

1)以空氣過濾器去除空氣中的污染物質

實驗室的空氣中含有使純水水質劣化的二氧化碳與浮游微生物，使用有機溶劑實驗室空氣中則含有揮發性有機溶劑。當空氣中的二氧化碳溶解于水中，會形成碳酸根離子，使水箱中純水的電阻率大幅降低，將造成超純水系統中陰離子交交換樹脂的負荷量增加，而縮短其使用壽命。除此之外，水箱中的純水若混入微生物與有機物質，也會造成微生物增殖和有機物質的再次污染。因此，純水水箱應呈密閉狀態，因為水箱必須設置通氣口使純水可以順利的流出，所以為了防止空氣中的污染物質透過通氣扣、口進入純水水箱內，加裝空氣過濾器是不可或缺的。

2)以殺菌用UV燈防止微生物繁殖

水質純化雖然有不同的方法，但仍有少量微生物殘存。只要留存于水箱中，就有繁殖的可能性。雖然純水中幾乎不含營養成分(有機物等)，但仍有能適應貧瘠營養環境的微生物存在的可能。所以，在水純化的過程中，、應該具備殺菌的相關程序。

藥劑洗凈與熱水殺菌，對于純水中微生物的殺菌效果是單次性的，而非持續性的。相對而言，紫外線照射殺菌法，只要再照射期間，對微生物的殺菌作用就能夠持續。紫外線的殺菌能力，以紫外線光強與照射時間來表示。當純純水中的微生物受到100mw.s/cm2的照射量處理時，殺菌率就可達99.9%。這里，我們在水純化過程中加裝紫外燈，并對其殺菌效果進行檢測。首先我們在純水系統的水流管路中加裝紫外燈，采用連續照射方法，對進行殺菌效果進行檢測。

一般來說，水純化過程中若不使用紫外線照射，純水系統的細菌數會超過100cfu/ml，而使用紫外線照射的純水系統，其細菌數可以降至10cfu/ml。也就是說，純水系統管路中若使用加裝紫外燈，對降低細菌數具有非常好的效果。但幾天后，就出現了細菌增殖的現象。這是因為，水箱中的細菌的繁殖沒有受到抑制，細菌數逐漸增加。因此，對純水系統中的微生物進行控制時，只對純化程序中的管線進行紫外線照射是不足的，應同時對水箱中的細菌繁殖進行抑制。