如果或超因實驗室改造或長時間休息而長期停用，則必須采取一定的維護措施，以便日后正常運行，并保證實驗能夠正常進行。

1. 停機處理

如果非使用期為1周至10天，且電力和水源不受影響，則系統可以繼續運行，就能繼續獲得穩定的純水水質。若是進行水管管路調整工程，系統必須完全停止，此時應關閉純水系統的供水開關和電源，并斷開與供水的連接。水箱中的純水會因長期放置導致水質下降，所以必須完全排空。

2. 開機處理

停用期結束后，再次使用純水系統時要注意檢查供水水源的水質，尤其是水管工程維修后，因為供水中會混入很多污染物。因此，應先打開供水源的水龍頭，將自來水充分排出，然后與純水系統連接，啟動系統。

如果采取上述對策后系統仍不能正常運行，則可能是停機期間各種純化柱和濾膜堵塞造成的。因此，應更換有問題的部件。

3. 純水系統取水

從純水系統取水時，應注意避免二次污染。尤其是系統中的當地水容易受到污染。因此，在使用超純水時，應“即取即用”。

4. 日常維護

及時更換低成本的預處理柱是降低使用成本的有效途徑。對于，應該定期校驗系統內置的電阻率監測儀，確保電阻率讀數正確，并根據電阻率監測數據，超純柱的過水量和使用時間(一般不超過2年)決定是否更換超純化柱。